Pythagore, chat de laboratoire appareillé pour se connecter avec les ordinateurs enseigne à Bastet, jeune chatte Montmartroise, à communiquer avec les humains pour tenter de leur faire prendre conscience de la violence de leur société.

Nous sommes à l'ère de la deuxième humanité. Il y en a eu une avant. Il y en aura une... après. En Antarctique, le paléontologue Charles Wells et son expédition découvrent, tout au fond d'un lac souterrain, les restes de squelettes humains d'environ 17 mètres de long. À Paris, le projet d'étude de son fils David sur le rapetissement humain est sélectionné par un tout nouveau programme de recherches, consacré à "l'évolution de notre espèce".

Après avoir quitté une Terre mourante du fait des erreurs de nos sociétés, l'Arche, premier vaisseau à coloniser une exoplanète, arrive au bout d'un long voyage de 80 ans. Les colons sortent de leurs caissons cryogéniques et découvrent ce qui doit devenir un nouveau commencement pour l'humanité. Une nouvelle planète, un monde principalement végétal baptisé Eden.

Aucun être humain n’étant jamais sorti du système solaire, la "conquête spatiale" est restée une hyperbole. Mais la découverte d’une vie extraterrestre, même embryonnaire, continue de faire rêver. C’est ainsi qu’au crépuscule de l’humanité sur Terre, des vaisseaux sont envoyés vers Ganymède et Europe, deux lunes de Jupiter dotées d’un océan interne où l’on espère trouver de la vie.

Le professeur Toscano, chargé d'effectuer des recherches à l'université de Lisbonne sur la conquête du Nouveau Monde, est convaincu d'avoir mis au jour une vérité capitale. Une révélation si sensible qu'il a codé l'ensemble de son travail. Un acte paranoïaque peut-être, ou de prudence... car Toscano est retrouvé mort.