300 ans après les événements d'"Alien - La Sortie des Profondeurs" et "Alien - Le Fleuve des Souffrances", "Alien - La Mer des Désolations" retrace la redécouverte des Xénomorphes (Aliens) en état de sommeil dans les mines abandonnées de LV-178, le planétoïde d'"Alien - La Sortie des Profondeurs", désormais transformé et renommé New Galveston. La Weyland-Yutani Corporation, réformée après l'effondrement de l'armée du système des Nations Unies, poursuit ses efforts incessants pour armer les créatures.

Enfant, Chris Hooper rêvait souvent de monstres. Mais dans le fin fond de l'espace, il n'a trouvé que la solitude et l'isolement. Une fois arrivés sur la planète LV178, Hooper et ses compagnons de bord ont découvert une terrible tempête de sable, un véritable enfer... et de la trimonite, la matière la plus dure connue de l'homme. Quand une navette s'écrase dans le vaisseau spatial le Marion, les mineurs installés sur la planète apprennent qu'il y avait bien plus que de la trimonite au fond des cavernes.

En un éclair, chaque construction humaine érigée sur Terre s'effondre, créant un gigantesque donjon: un labyrinthe infernal de 18 niveaux remplis de pièges, de monstres et de butins. Seulement quelques survivants osent s'aventurer à l'intérieur, mais une fois que vous y pénétrez, impossible d'en ressortir. Vous n'avez que quelques jours pour trouver l'escalier vers le niveau suivant ou c'est game over. Dans ce jeu, ce n'est ni votre force ni votre dextérité qui vous aidera à survivre, mais votre popularité et votre nombre de vues.

La petite Mélodie Cormier, 10 ans, a disparu. Elle s’est volatilisée, un jeudi matin ordinaire. Ses parents l’ont vue monter dans l’autobus scolaire, mais elle ne s’est jamais rendue jusqu’à la cour d’école. Le mystère est total. Ailleurs dans la ville, Marco Genest reçoit des messages étranges. Un correspondant anonyme affirme détenir des renseignements sur la mort accidentelle de ses parents, survenue plusieurs mois plus tôt. Accidentelle, vraiment?

Tout frais émoulus de l'École de l'Espace, Nil, Mila, Élisabeth et bien d'autres, sont en train de rejoindre l'Esperanza 64 en orbite. Comme son nom l'indique, le vaisseau est le 64e du nom et, à l'instar de ses prédécesseurs, il va, sous deux mois, être lancé vers une étoile proche dans le cadre du programme Exodus. Manœuvré par un équipage de 4 000 hommes et femmes, il mettra des milliers d'années pour atteindre sa destination. Il emporte dans sa soute 25 000 000 de caissons, communément appelés cercueils, où sont conservés, congelés, les futurs colons de l'hypothétique exoplanète.