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En Antarctique, des chercheurs ont mis au jour, enfouie dans la glace, une mystérieuse structure vieille de plusieurs milliers d'années. À l'intérieur, l'équipe fait une découverte qui va radicalement changer l'histoire de l'homme–mais qui pourrait également déclencher son extinction.

À Marbella, en Espagne, la généticienne Kate Warner met au jour une réalité terrifiante : la race humaine pourrait être au bord de l'extinction, alors qu'une pandémie sans précédent déferle sur le globe. Les survivants voient leur génome transformé. Certains évoluent rapidement. Les autres régressent inexorablement. Les pays industrialisés proposent un médicament miracle–Orchidée–distribué dans les camps de réfugiés, mais qui traite les symptômes sans soigner le mal.

Après avoir affronté la pandémie mondiale, le docteur Kate Warner espérait pouvoir se soigner, mais elle n'avait pas pris toute la mesure de la conspiration atlante. Alors que le temps de la scientifique est compté, un message codé parvient jusqu'à la Terre... Recluse dans l'observatoire d'Arecibo, Mary Caldwell a passé sa vie à observer les étoiles et à guetter un signe venu d'ailleurs. Lorsque ce jour arrive, Mary se retrouve au cœur d'une bataille millénaire, dont les enjeux dépassent notre monde.